По сюжету во второй части игры ученый по имени Эйзенберг (нда...) возвращается на заброшенную планету LV426, где находится сбитый звездолет, с яйцами пришельцев. После того, как команда звездолета была полностью уничтожена, чудом оставшийся в живых ученый не оставляет надежд завершить свою миссию. Он ставит перед собой новую цель - планета LV1201, на которой находится древнее гнездо Чужих. Однако есть небольшая проблема, о которой Эйзенберг пока не догадывается - этот мир находится в заповеднике Хищников. Пикантность ситуации в том, что время от времени Хищники устраивают большую охоту на Чужих, прибивая всех, кто попадется под горячую лапу. Эйзенберг разворачивает на LV1201 лабораторный комплекс в "самое подходящее" время - начало сезона охоты у Хищников. В этот же самый момент из ангара убегает Чужой, которому не нравятся эксперименты злобного доктора. Исправлять все эти ошибки придется команде спецназа Морской пехоты...